Le Chakra d’un ninja  peut être visible à l'œil nu et aparait comme une sorte d'aura autour du lui, son chakra est généralement de couleur bleue, cependant il y a quelques exceptions, un ninja exerçant des jutsus médicaux utilise un chakra de couleur verte, quant à Kyuubi par exemple, il possède un chakra de couleur rouge orange (Ainsi, lorsque Naruto est entouré par ca  même chakra, on sait qu'il utilise la force de Kyuubi), un ninja ayant le sceau maudit d'Orochimaru possède un chakra violet.